المجرة المظلمة مجرة افتراضية أو نادرة يغلب عليها وجود المادة المظلمة والغاز مع عدد قليل جداً من النجوم أو دون نجوم مرئية كافية. يصعب رصد هذا النوع مباشرة لأن لمعانه ضعيف للغاية، لذلك يستدل عليه غالباً من تأثيره الجاذبي أو من غاز الهيدروجين المرتبط به. تهم المجرات المظلمة علماء الفلك لأنها قد تساعد في فهم تشكل المجرات ودور المادة المظلمة في بناء البنى الكونية. تمثل الفكرة تحدياً للرصد، إذ تتطلب تمييز الأجسام الحقيقية عن السحب الغازية أو التأثيرات غير المباشرة.