التقطير بالتشغيلة طريقة لفصل مكونات كمية محددة من مخلوط سوائل داخل جهاز تقطير، ثم تفريغ الجهاز وإعادة شحنه بكمية جديدة عند الحاجة. يستخدم حين تكون الكميات قليلة أو موسمية أو حين يراد الحصول على نقاوة عالية، كما في بعض الصناعات الدوائية ووحدات التنقية. يقوم الجهاز عادة على غلاية وعمود تقطير ومكثف وأوعية استقبال، مع إعادة جزء من المكثف لتحسين الفصل. وتمثل هذه الطريقة أسلوباً مرناً يناسب الإنتاج المحدود أكثر من التشغيل الصناعي المستمر.