بئر المراحيض وسيلة للتخلص من المياه القذرة عندما لا يتوفر للبيوت مجرور عام، إذ تصب مياه المجالي والمغاسل وأحواض الحمامات في بئر عميقة، أما مياه المراحيض فترسل إلى آبار خاصة. وتتكون بئر المراحيض من حوض إسمنتي مسلح يدفن قرب المنزل، فتتجمع فيه المياه الآتية من المرحاض أو بيت الخلاء، وتبدأ الجراثيم بتحليل النفايات وتسييلها كاملًا وتحويل الأوساخ الضارة إلى عناصر أقل خطرًا. وبعد اكتمال هذا التحلل يمكن تصريف الفائض إلى حفر ماصة أو بلايِع، لأن السائل المتبقي لا يلقى كما هو، بل يفقد معظم ضرره بفعل الجراثيم التي تحوله من غير قياس مباشر لها.