الأيزومير البنيوي مركب له الصيغة الجزيئية نفسها لمركب آخر، لكنه يختلف عنه في طريقة ترابط الذرات، ويشمل ذلك اختلاف الهيكل الكربوني أو موضع المجموعة الوظيفية أو نوع المجموعة الوظيفية نفسها، مثل اختلاف الكحول عن الإيثر عند الصيغة نفسها، وتعد دراسة الأيزومرات البنيوية مهمة في الكيمياء لأنها توضح كيف يؤدي اختلاف ترتيب الروابط إلى اختلاف الخصائص والسلوك الكيميائي.