الجزيء أصغر جسيم من المادة الكيميائية النقية يحتفظ بتركيبها وخواصها الأساسية، ويتكون من ذرة واحدة أو من ذرتين فأكثر ترتبط بروابط كيميائية. تحمل الجزيئات صفات المواد المركبة كما تحمل الذرات صفات العناصر، وتختلف أحجامها من جزيئات صغيرة مثل الماء والهيدروجين إلى جزيئات كبيرة مثل البروتينات والحمض النووي. تدرس الكيمياء الجزيئية تفاعلات الجزيئات وتكوين الروابط وتفككها، بينما تدرس الفيزياء الجزيئية بنيتها وحالات الطاقة فيها. وتحدد البنية الفراغية للجزيء وزوايا الروابط وترتيب الذرات خواص المادة ونشاطها، مما جعل فهم الجزيئات أساساً في الكيمياء والطب والصناعة والمواد الحديثة.