بروتوكول التشفير مجموعة قواعد دقيقة تحدد كيفية استخدام الخوارزميات والبيانات لتأمين الاتصال أو المصادقة أو تبادل المفاتيح أو حماية المعلومات. يصف البروتوكول خطوات التفاعل بين الأطراف، وهيكل الرسائل، وطرق التحقق، بما يسمح بتشغيل أنظمة متوافقة وآمنة. تستخدم بروتوكولات التشفير في الإنترنت والمصارف والتطبيقات والاتصالات وحماية البريد والمعاملات الرقمية. وتكمن أهميتها في أنها لا تعتمد على الخوارزمية وحدها، بل على طريقة تطبيقها وتبادلها، إذ قد يؤدي خطأ في البروتوكول إلى ضعف أمني حتى مع وجود تشفير قوي.