الإسلام في تركستان الشرقية ارتبط بامتداد الدعوة والفتوحات إلى وسط آسيا وكاشغر، ثم أصبح ديناً راسخاً بين شعوب المنطقة ولا سيما الأويغور. ازدهرت في تركستان الشرقية مدارس ومساجد وثقافة إسلامية استخدمت العربية في مجالات العلم والكتابة، ثم تعرضت المنطقة لسياسات صينية متعاقبة سعت إلى التحكم في التعليم والدين والهجرة والتوازن السكاني. ويمثل تاريخ الإسلام فيها صراعاً طويلاً بين هوية محلية تركية إسلامية ومحاولات دمج سياسي وثقافي قسري داخل الدولة الصينية.