سر المعبد كتاب لثروت الخرباوي يتناول جماعة الإخوان المسلمين من زاوية نقدية داخلية، معتمداً على ذكريات ووثائق وتجربة شخصية. يعرض الكتاب رؤية مؤلفه لبنية الجماعة وأسرارها وعلاقاتها السياسية، ويثير قضايا عن التنظيم والسلطة والارتباطات الخارجية. نال اهتماماً واسعاً لأنه صدر بعد خروج المؤلف من الجماعة وفي مرحلة صراع سياسي حاد. ويمثل سر المعبد نصاً جدلياً في أدبيات نقد الإسلام السياسي المصري.