الأرثوذكسية المشرقية في مصر تشير إلى المسيحيين الأتباع للكنائس الأرثوذكسية المشرقية، وتشكل أغلبية المسيحيين في البلاد، وتتمثل بطائفة الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بالإسكندرية بقيادة البابا تواضروس الثاني، مع وجود مجتمعات أرمنية وسريانية أرثوذكسية أصغر.
البابا تواضروس الثاني أصبح البابا الثامن عشر من مئة وثمانية عشر للكنيسة القبطية الأرثوذكسية في الإسكندرية في ١٨ نوفمبر ٢٠١٢. انتخاب تواضروس الثاني لقيادة الكنيسة القبطية الأرثوذكسية في الإسكندرية يمثل استمرارًا لتقليد رئاسة بطريركية الإسكندرية التي تعود إلى الكنيسة الأولى، ويتولى البابا تواضروس الثاني مهام الرعاية الروحية والإدارية لأتباع الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، ويشكل انتخابه محطة زمنية مهمة في التاريخ الكنسي المعاصر للطقس القبطي.