وزارة الدفاع اليابانية وزارة حكومية تتولى شؤون الدفاع وقوات الدفاع الذاتي في اليابان، ويقع مقرها في طوكيو وتخضع للسلطة المدنية وفق الدستور الياباني. تطورت من وكالة الدفاع اليابانية إلى وزارة كاملة الصلاحيات ضمن مجلس الوزراء، ويقودها وزير الدفاع بمساعدة مسؤولين إداريين وعسكريين ورؤساء أركان الفروع المختلفة. ترتبط الوزارة ببنية قيادة تجعل رئيس الوزراء أعلى سلطة في حالات الطوارئ، وتشرف على التخطيط والتدريب والتجهيز والتنسيق الأمني، مع الحفاظ على الطابع الدفاعي للقوات اليابانية في إطار القيود الدستورية والسياسية التي أعقبت الحرب العالمية.