نظرية التطور الجزيئي شبه المحايدة تعديل لنظرية التطور الجزيئي المحايدة يختص بالطفرات ذات الأثر الضئيل، اقترحها توموكو أوتا عام ١٩٧٣ ثم وسعت لتشمل الطفرات النافعة والضارة شبه المحايدة؛ وتنبؤ أن علاقة حجم التجمع بقوة الانحراف الجيني تؤثر في معدل التطور الجزيئي، إذ قد تُثبت الطفرات الضعيفة في التجمعات الصغيرة مما يبطئ التطور.

على الرغم من أنّ العشوائية كانت تُعدّ في وقت طويل عائقاً أمام دقة الحوسبة والتنظيم، فإنها باتت تُستخدم اليوم أداةً في تصميم خوارزميات أكثر كفاءة وفاعلية. فبدلاً من النظر إليها بوصفها عنصر اضطراب، صار يُستفاد منها في تحسين الأداء وتخفيف القيود التي قد تفرضها الطرق الحتمية، مما منح بعض الخوارزميات قدرة أفضل على التعامل مع المشكلات المعقدة والوصول إلى نتائج أكثر جودة في زمن أقل.

استخدم عالم التطور الجزيئي موريس غودمان بيانات تسلسل البروتين لإعادة بناء التاريخ التطوري للهيموغلوبين، ورأى في هذا العمل أول دليل مادي قوي على التطور الدارويني. وقد اكتسب هذا الاستنتاج أهميته من كونه اعتمد على مقارنة جزيئية دقيقة بدلًا من الاعتماد على الشواهد الشكلية وحدها، مما أتاح تتبع العلاقات التطورية على أساس تسلسل الأحماض الأمينية في البروتين.

يُعرَّف التطور الحيوي بأنه التغير في الصفات الوراثية للجماعات الحية عبر أجيال متعاقبة، ويحدث نتيجة تغير تكرار الأليلات داخل الجماعة مع مرور الزمن. ويعتمد التطور على وجود تنوع وراثي بين الأفراد، إضافة إلى عوامل مثل الطفرات والانتقاء الطبيعي والانجراف الوراثي وتدفق الجينات بين الجماعات.

التطور الحيوي هو تغير الصفات الوراثية في جماعات الكائنات الحية عبر أجيال متعاقبة، وقد يؤدي تراكم هذه التغيرات خلال مدد طويلة إلى ظهور أنواع جديدة. يحدث التطور بفعل آليات متعددة، منها الانتقاء الطبيعي والطفرات والانحراف الوراثي وانتقال الجينات بين الجماعات.