محاكم تفتيش العصور الوسطى سلسلة من المؤسسات الكنسية التي نشأت في أوروبا الكاثوليكية لملاحقة البدع والحركات الدينية التي عدتها الكنيسة خروجاً عن العقيدة، ولا سيما الكاثارية والوالدنسية. تطورت هذه المحاكم من رقابة الأساقفة المحلية إلى محاكم بابوية أكثر تنظيماً، في سياق كانت فيه الكنيسة ترى الهرطقة خطراً على وحدة الدين والنظام الاجتماعي والسياسي. استندت بعض مبرراتها إلى تقاليد دينية وقانونية قديمة ربطت الانحراف العقدي بالخيانة أو تهديد الجماعة، كما شاركت السلطات المدنية في تنفيذ العقوبات. وشملت إجراءاتها التحقيق والاعتراف والعقوبة والمصادرة، وأحياناً الإعدام، فصارت من أبرز صور العلاقة المتوترة بين السلطة الدينية وحرية الاعتقاد في أوروبا الوسيطة.