تُعد الدولة الفاطمية الدولةَ الخلافية الوحيدة في التاريخ الإسلامي التي اتخذت المذهب الشيعي الإسماعيلي مذهبًا رسميًا لها، إذ قامت على أساس ديني وسياسي منحها تميّزًا واضحًا عن سائر الدول الإسلامية التي سبقتها أو عاصرتها. وقد انعكس هذا الاختيار على نظامها الإداري ومؤسساتها الدينية، فارتبطت الشرعية فيها بالانتماء إلى البيت الفاطمي وبالدعوة الإسماعيلية، مما جعلها نموذجًا خاصًا في تاريخ الخلافة الإسلامية من حيث المرجعية المذهبية وطبيعة الحكم.
سبحان الله