تحديد البروتينات بالوزن الجزيئي طريقة لاستخلاص هوية البروتينات عبر مقارنة أوزان الجزيئات الببتيدية الناتجة عن هضم بروتيني مع بيانات الطيف الكتلي؛ تعتمد على مطابقة الأوزان والتكرارات الإحصائية لقطع ببتيدية محددة لتخمين البروتين الأصلي وتقليل نتائج خاطئة، وتُستعمل في بُنى البروتيوميك للتحليل السريع للبروتينات المعزولة.