محاكي البروتين جزيء، مثل ببتيد أو ببتيد معدل أو مركب آخر، يحاكي بيولوجيًا وظيفة أو نشاط بروتين معين ويُستخدم في تصميم الأدوية واكتشافها؛ يشمل أنواعًا مثل محاكيات الأجسام المضادة التي تحاكي ربط المستضد، ومحاكيات الببتيد التي تحاكي ببتيدات أطول كالهرمونات، ومحاكيات الفسفرة التي تستبدل أو تعدل أحاديات أمينية لمحاكاة تأثير فسفرة البروتين.