الإسلام في بوتان يمثل أقل من ١% من سكان البلاد وفقاً لكتاب حقائق العالم، ويقدّر مركز بيو للأبحاث في تقرير عام ٢٠٠٩ عدد المسلمين بحوالي ٧,٠٠٠ شخص، ما يجعلهم أقلية دينية صغيرة ضمن التركيبة السكانية البوتانية.
الهندوسيةُ في بوتان تُعدّ ثاني أكبر انتماء ديني في البلاد، وتشكّل نحو ربع السكان بحسب مركز بيو للأبحاث عام ٢٠١٠، وتنتشر معابد هندوسية خصوصًا في جنوب بوتان حيث يمارس الأتباع دينهم في مجموعات صغيرة إلى متوسطة.