الأرثوذكسية المشرقية في مصر تشير إلى المسيحيين الأتباع للكنائس الأرثوذكسية المشرقية، وتشكل أغلبية المسيحيين في البلاد، وتتمثل بطائفة الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بالإسكندرية بقيادة البابا تواضروس الثاني، مع وجود مجتمعات أرمنية وسريانية أرثوذكسية أصغر.