يوأنس الثاني عشر شغل منصب بابا الإسكندرية وبطريرك الكنيسة القبطية الأرثوذكسية الثالث والتسعين (١٤٨٠–١٤٨٣)، وكانت خدمته نحو ٤٠ شهرًا، وكان المقر البابوي في كنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة، ودُفن في دير شهران، ولم تُسجل عليه مضايقات من الأمراء المماليك؛ وأُهدِيَ الأنبا إبرآم كتاب «الطب الروحاني».