تأسست أول حديقة نباتية في طوكيو انطلاقًا من مشتلٍ حرجيّ، ثم تحولت لاحقًا إلى مساحة مخصصة لعرض النباتات ودراسة الأنواع المختلفة وحفظها. ويعكس هذا التحول كيف يمكن لمكان أُنشئ في الأصل لأغراض زراعية أو غابية أن يصبح مؤسسة علمية وحديقة عامة ذات قيمة بيئية وتعليمية.
سبحان الله