يمكن تشغيل برامج نظام ويندوز على نظام لينكس بطرق متعددة تعتمد على تحويل أو محاكاة بيئة التشغيل لتوفير واجهات ووظائف متوافقة. من بين الأساليب المتاحة استخدام طبقات توافق توفر استدعاءات واجهات برمجية شبيهة بتلك في ويندوز، أو تشغيل نظام ويندوز داخل آلة افتراضية كاملة تسمح بتشغيل التطبيقات كما لو كانت تعمل على جهاز مستقل، أو استخدام برامج تحاكي بيئة ويندوز جزئياً لتشغيل بعض التطبيقات دون الحاجة إلى نظام منفصل. كما يمكن الوصول إلى برامج ويندوز عن بعد من خلال خوادم أو أجهزة أخرى تُشغِّل تلك البرامج وتعرض واجهة المستخدم عبر الشبكة. اختيار الأسلوب الأنسب يعتمد على متطلبات التطبيق من أداء وخصائص الأجهزة ومدى التكامل مع نظام لينكس، وكذلك سهولة التثبيت والدعم التقني المتاح.