الميكانيكا الجزيئية فرع من الفيزياء التطبيقية يستخدم الميكانيكا الكلاسيكية لنمذجة سلوك الأنظمة الجزيئية والبيولوجية بتمثيل كل ذرة كجسيم وتعيين خصائص مثل نصف قطر فان دير فالس والشحنة، مع تقريب بورن–أوبنهايمر وحساب الطاقة الكامنة بمجالات قوة، وتُستعمل تبسيطات نمطية لتقليل التعقيد الحسابي.