أكبر حملة عسكرية شنّتها حكومة توكوغاوا لقمع المسيحية كانت انتفاضة شيمابارا-أماكوسا، وهي تمرد مسلّح واسع النطاق اندلع احتجاجًا على القمع الديني والضريبي، وقُمع بعنف ما أدى إلى تشديد حظر المسيحية وفرض سياسات عزلة أشدّ تجاه العالم الخارجي.
سبحان الله