في نماذج الجزيئات الشائعة تُستخدم ألوان معيارية لتمثيل كل عنصر لتسهيل القراءة؛ فالهيدروجين يُرمَز له باللون الأبيض، والكربون بالأسود أو الرمادي الداكن، والأكسجين بالأحمر، والنيتروجين بالأزرق، والكبريت بالأصفر، والفسفور بالبرتقالي، والفلور بأخضر فاتح، والكلور بأخضر أغمق، والبروم بظلال حمراء أو بنية داكنة، واليود بنفسجي أو أرجواني، بينما تُصوَّر العديد من المعادن بألوان رمادية أو نحاسية بدرجات بنية وبرتقالية حسب التمثيل؛ هذه الألوان المتعارف عليها في نظام التلوين تسهل تمييز الذرات عند عرض البُنى الجزيئية ثلاثية الأبعاد والتواصل العلمي حول المركبات والتركيبات الكيميائية.
سبحان الله