لا يشير اسم البوسنة والهرسك إلى شعبين أو دولتين منفصلتين، بل يجمع بين منطقتين تاريخيتين وجغرافيتين تكونت منهما البلاد. يعرف القسم الأكبر من الدولة باسم البوسنة، ويشمل مناطقها الشمالية والوسطى. ويرجح المؤرخون أن هذا الاسم جاء من نهر البوسنة الذي يعبر وسط البلاد، ونشأت حوله النواة الأولى للإقليم.

أما الأصل اللغوي الأقدم لكلمة بوسنة، فلا يزال محل خلاف، لكن إحدى النظريات تربطه بكلمة قديمة تشير إلى المياه الجارية أو مجرى النهر. وقد ظهر اسم البوسنة في مصادر بيزنطية تعود إلى القرن العاشر الميلادي. أما الهرسك، وهي المنطقة الواقعة في جنوب البلاد، فتحمل قصة مختلفة.

في القرن الخامس عشر، حكم النبيل البوسني ستيبان فوكاتش كوساتشا مناطق واسعة في الجنوب، واتخذ لنفسه لقب هرسك، المشتق من الكلمة الألمانية هيرتسوغ، وتعني الدوق. ومع مرور الوقت، أصبحت الأراضي الخاضعة لسلطته تعرف باسم هيرتسيغوفينا، أي أرض الدوق. وهكذا اجتمع اسم البوسنة والهرسك للدلالة على إقليمين تاريخيين داخل كيان سياسي واحد.