مصفوفة التداخل هي مصفوفة مربعة في الكيمياء الكمومية تُبيّن التداخل الداخلي بين متجهات أساس نظام كمومي { |b_j⟩ } بحيث S_jk = ⟨b_j|b_k⟩ = ∫Ψ_j^* Ψ_k dτ؛ تكون قطرية إذا كانت المتجهات متعامدة وتطابقية إذا شكّلت مجموعة متعاملة منظمة، وهي حالة خاصة من المصفوفة الغرامية.
