الطفرة المحايدة في علم الوراثة هي تغير جيني لا يؤثر على الصلاحية التطورية ولا يتعرض لاختيار طبيعي مفيد أو ضار، لذلك قد تتراكم عبر الزمن بفعل الانحراف الوراثي أو الترافق الجيني؛ وتفترض نظرية التطور الجزيئي المحايدة أن كثيراً من الفوارق بين الأنواع تعود لطفرات محايدة، ويرجع انتشار الطفرات المحايدة غالباً إلى وجود فضلة في الدنا.
التغير الوراثي، أو الطفرة، تغير يحدث في المادة الوراثية لخلايا الكائن الحي، وقد يؤثر في صفة ظاهرة أو يبقى بلا أثر واضح. تتكون المادة الوراثية من مورثات وصبغيات، وقد يصيب التغير مورثة واحدة نتيجة تبدل كيميائي في الحمض النووي، أو يصيب عدد الصبغيات أو ترتيبها. من أمثلته أمراض وراثية سببها تغير مورثي، وأخرى سببها تغير صبغي. لا تعرف أسباب معظم الطفرات بدقة، لكن الأشعة وبعض المواد الكيميائية قد تحدثها. ولا تنتقل الطفرة إلى الذرية إلا إذا وقعت في الخلايا المنتجة للبيض أو النطاف. ورغم أن معظم الطفرات الضارة ذات الأثر الظاهر مؤذية، فإن بعض التغيرات النافعة قد تمنح الكائن ميزة في البقاء والتكاثر، فتسهم في التطور وتحسين السلالات.
