يستطيع الجهاز المناعي التمييز بين البكتيريا الضارة والبكتيريا النافعة إلى حد كبير، فهو يرصد أنماطاً مرتبطة بمسببات المرض عبر مستقبلات خاصة ويبدأ الهجوم عند الحاجة. وفي الوقت نفسه، يمكنه التعاون مع الميكروبات المفيدة والبكتيريا النافعة التي تعيش في الجسم، مما يحافظ على توازن دقيق بين الدفاع والحفاظ على الكائنات الدقيقة المفيدة.
