أمراض المناعة الذاتية هي حالات يهاجم فيها الجهاز المناعي عن طريق الخطأ أنسجة الجسم السليمة، وتشمل أكثر من ٨٠ حالة معترف بها وقد تصيب أي عضو. تختلف الأعراض بحسب المرض وتشمل التعب والحمى والتوعك، والأسباب متعددة العوامل جينية وبيئية، والعلاج يهدف للسيطرة بالأدوية المثبطة ومكملات داعمة وغالبًا إدارة طويلة الأمد.

التحرير المناعي أو الإشراف المناعي عملية ديناميكية تربط الترصد المناعي بتقدم الورم، وتشمل ثلاث مراحل متتابعة: طور الإزالة الذي يقضي على الخلايا الورمية الحساسة للمناعة، طور الاتزان الذي يوازن خلاله الجهاز المناعي تكاثر خلايا ورم متحولة جزئياً، وطور الإفلات الذي تنشأ فيه خلايا ورم مقاومة قادرة على الهروب من الرقابة المناعية.

علم المناعة البيطري يدرس الجهاز المناعي لدى الحيوانات كفرع من العلوم الطبية الحيوية والبيطرية وعلم الحيوان، ويعنى بوظائف الدفاع المناعي وصحته وبتشخيص أعطال واضطرابات المناعة، وتفاعلاته مع الأمراض واللقاحات، بما في ذلك آليات الحماية وفشل اللقاحات وحدوث ردود الفعل السلبية.

علم المناعة الإنجابية فرع طبي يدرس التفاعلات بين الجهاز المناعي والأعضاء التناسلية، بما في ذلك استجابة الأم تجاه الجنين ودور المشيمة في حمايته، والتفاعلات عبر الحاجز الدموي للخصية التي قد تؤدي إلى أجسام مضادة للحيوانات المنوية، إضافةً إلى تطبيقات سريرية مثل تفسير حالات الإخصاب والإجهاض المتكرر وصعوبات الحمل والبحث في لقاحات مناعية لمنع الحمل.

يُسبب فيروس العوز المناعي البشري مرض نقص المناعة المكتسب، إذ يهاجم خلايا مهمة في الجهاز المناعي ويضعف قدرة الجسم على مقاومة العدوى. وينتمي هذا الفيروس إلى الفيروسات القهقرية التي تحمل مادتها الوراثية على هيئة حمض نووي ريبوزي، ثم تحولها داخل الخلية إلى حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين قبل دمجها في جينوم الخلية المصابة.