تُعدّ مزارع الروبيان تهديداً بيئياً خطيراً، لأنها تؤدي إلى تدمير واسع للنظم الساحلية المعروفة بأشجار المانغروف، والتي تمثل حاضناً طبيعياً مهماً للتنوع الحيوي وحاجزاً يحمي السواحل. كما تسهم هذه المزارع في انتشار المضادات الحيوية عبر مياه الصرف الناتجة عنها، ما يفاقم تلوث البيئات المائية ويؤثر في توازنها الطبيعي، ويزيد من الضغوط الواقعة على الكائنات البحرية والموائل المرتبطة بها.