تفسر النظرية شبه المحايدة في تطور الجزيئات سبب كون معدلات الساعات الجزيئية مستقلة، في الغالب، عن حجم الجماعة السكانية؛ إذ تفترض أن كثيراً من الطفرات التي تثبت عبر الزمن لا تكون نافعة تماماً ولا ضارة تماماً، بل تقع في منطقة وسطى تجعل تأثير الانتقاء الطبيعي عليها محدوداً، بينما تتحدد فرصة انتشارها أو اختفائها بدرجة كبيرة بعوامل الاحتمال والانجراف الوراثي أكثر من ارتباطها المباشر بعدد الأفراد. ولذلك يمكن أن تسير وتيرة التغير الجزيئي بمعدل متقارب في جماعات مختلفة الأحجام، ما دام هذا النمط من الطفرات هو الغالب في المادة الوراثية.