يوجد داخل حوض تصريف البحيرات العظمى ٤٣ منطقة مُصنَّفة بوصفها «مناطق قلق»، وهي مواقع تُظهر تدهوراً بيئياً شديداً ناتجاً عن تراكم أوجه الإخلال بالنظم المائية والبيئية فيها. ويعكس هذا التصنيف حجم الضغوط التي تعرّضت لها تلك المناطق، إذ يشير إلى مستوى من الضرر يتجاوز التغير البيئي العادي ويستدعي معالجةً ومتابعةً خاصة بهدف الحد من آثار التلوث واستعادة التوازن البيئي تدريجياً.