كان دير «أختالا» في الأصل ديراً تابعاً للكنيسة الرسولية الأرمنية، ثم حُوِّل في القرن ١٣ إلى دير أرثوذكسي شرقي. ويعكس هذا التحول الديني التغييرات التي طرأت على هوية المكان ووظيفته عبر العصور، إذ بقي الدير شاهداً معمارياً وتاريخياً على انتقاله من تقليد كنسي إلى آخر، مع احتفاظه بمكانته ضمن التراث الديني في المنطقة.