انقسام الكنيسة الحرة في إدنبرة عام ١٨٤٣ يشير إلى انفصال مجموعة من رجال الدين والمؤمنين عن كنيسة اسكتلندا لتشكيل كنيسة حرة جديدة تعرف باسم الكنيسة الحرة في اسكتلندا. وقع هذا الانقسام في إدنبرة نتيجة خلافات حول سلطة الكنيسة وحق المجالس المحلية في تعيين القساوسة مقابل تدخل الحكومة والطبقات المالكة في شؤون التعيين، وقد اعتُبر عام ١٨٤٣ علامة فاصلة في تاريخ المؤسسات الدينية الاسكتلندية إذ أدى إلى تشكيل هياكل كنائسية مستقلة عن الدولة ولجوء كثير من القساوسة والمؤمنين إلى تنظيم عبادات ومؤسسات تعليمية ودعوية ضمن الكنيسة الحرة الجديدة.
