مفوضية الاتحاد الأفريقي هي الجهاز التنفيذي والإداري للاتحاد الأفريقي، وتعمل بوصفها أمانته المركزية التي تتابع السياسات والبرامج المشتركة بين الدول الأعضاء. يقع مقرها في أديس أبابا، وتتكون من رئيس ومفوضين ومديريات متخصصة في مجالات مثل السلام والأمن، والشؤون السياسية، والبنية التحتية والطاقة، والشؤون الاجتماعية، والتجارة والصناعة، والزراعة والاقتصاد الريفي، والموارد البشرية والعلوم والتكنولوجيا. تضطلع المفوضية بتنسيق المبادرات القارية وتمثيل الاتحاد في الشؤون الإدارية والتنفيذية، مع تمييزها عن المفوضية الأفريقية لحقوق الإنسان والشعوب التي تعد كياناً منفصلاً. تمثل المفوضية قلب العمل المؤسسي للاتحاد الأفريقي وأداة لتنفيذ قراراته وبرامجه.