أدّى دور وكالة «فرونتكس» في عمليات الصدّ القسري للمهاجرين في اليونان إلى فتح تحقيقات من قبل البرلمان الأوروبي، وأمين المظالم الأوروبي، ووكالة مكافحة الاحتيال التابعة للاتحاد الأوروبي. وتأتي هذه التحقيقات في سياق أسئلة متزايدة حول مدى التزام الوكالة بالمعايير القانونية والإنسانية في إدارة الحدود، ولا سيما عندما تتعلق الإجراءات بمعاملة المهاجرين وإعادتهم عند الحدود البحرية والبرية.