تزوج توت عنخ آمون من الأميرة عنخ إسن آمون، وهي ابنة أخناتون ونفرتيتي، وكانت تربطهما على الأرجح صلة قرابة وثيقة ضمن الأسرة الملكية. وكان زواج أفراد العائلة الحاكمة بعضهم من بعض شائعًا في مصر القديمة للمحافظة على الشرعية الملكية، لكنه قد يزيد احتمال ظهور بعض الاضطرابات الوراثية.
تظل ابنتا توت عنخ آمون اللتان توفيتا في سنّ الرضاعة بلا أسماء معروفة، إذ لم يُحفظ لهما في التوابيت إلا وصف «أوزيريس»، وهو لقب جنائزي يرتبط بعقيدة البعث في مصر القديمة. ويعكس هذا الإطلاق أن هويتَيهما الشخصيتين لم تدوَّنا أو لم تصل إلينا بوضوح، بينما بقيت الإشارة الرمزية الدينية هي العلامة الوحيدة التي وُضعت على التابوتين.
