يتميز نبتون بلونه الأزرق الناتج عن وجود غاز الميثان في غلافه الجوي، كما تظهر عليه سحب مرتفعة وعواصف ضخمة تتغير مع مرور الزمن. وقد رصدت مركبة "فوياجر ٢" عند مرورها بالقرب من الكوكب عام ١٩٨٩ عاصفة كبيرة عُرفت باسم "البقعة المظلمة العظمى"، إضافة إلى أنظمة سحابية أخرى كشفت أن غلاف نبتون الجوي أكثر نشاطًا مما كان متوقعًا.