تولى الفريق أيوب خان رئاسة جمهورية باكستان في ٢ يناير ١٩٦٤، بعد فترة من الحكم العسكري التي بدأها بانقلابه على السلطة. تمثل رئاسة أيوب خان مرحلة مهمة في تاريخ باكستان السياسي والإداري، إذ اتسمت بمحاولات لتطبيق إصلاحات إدارية واقتصادية وتنظيمية تهدف إلى ترسيخ السلطة المركزية وتعزيز النمو الاقتصادي، كما شهدت هذه الحقبة خريطة سياسية جديدة وتفاعلات داخلية وخارجية أثّرت في علاقة باكستان بجيرانها ومؤسساتها السياسية. تجسد رئاسة أيوب خان مثالاً على انتقال السلطة في سياق حكم عسكري يترافق مع سياسات تطويرية وإصلاحات داخلية.
