مطار ناغاساكي افتتح في ١ مايو ١٩٧٥ وكان أول مطار بحري في اليابان. يُشير وصفه كمطار بحري إلى أن منشآته أو مدرجاته كانت مبنية على منصات أو أرصفة بحرية أو جزر صناعية أو امتدادات ساحلية مهيأة لاستقبال الطائرات فوق الماء، ما يجعله فريداً من نوعه في السياق الياباني آنذاك. مثل هذا التصميم كان يهدف إلى التغلُّب على قيود تضاريسية ومساحات برية محدودة وإتاحة مساحات كافية لمدارج الطائرات والمرافق المساندة قرب السواحل، وبالتالي مثل افتتاح مطار ناغاساكي نقطة تحول في بنية النقل الجوي المحلية وربط المحافظة بشبكات الطيران الوطنية والدولية بصورة أكثر مرونة واستقراراً.