افتتح المركز الإسلامي في مدينة طوكيو في ١٧ ديسمبر ١٩٨٢، وهو مؤسسة دينية وثقافية تهدف إلى خدمة الجالية المسلمة في اليابان وتعزيز التفاهم بين المسلمين وغير المسلمين. يوفّر المركز الإسلامي في طوكيو مساحات للعبادة والتعليم والتلاقي المجتمعي، ويستضيف محاضرات ودروسًا دينية وأنشطة ثقافية تهدف إلى نقل معارف الإسلام وتعميق الحوار بين الأديان والثقافات في العاصمة اليابانية. كما يساهم المركز في تقديم خدمات إرشادية ومساعدة للمقيمين والزوار المسلمين، ويعمل كقناة للتواصل بين المجتمع المسلم والجهات المحلية والمؤسسات الأكاديمية والثقافية في طوكيو واليابان بشكل عام.