انتُخب البابا يوحنا الأول خلفًا للبابا مارتنوس الأول بتاريخ ١٠ أغسطس في سنة ٦٥٤، حيث تشير السجلات الكنسية إلى أن انتخاب يوحنا الأول مثل استمرارًا للتقاليد البطريركية الغربية في عهد الإمبراطورية البيزنطية. يُعرف البابا يوحنا الأول بدوره كرئيس للكنيسة الرومانية الذي استلم المسؤولية بعد عصر مارتنوس الأول، وتمت عملية الانتخاب وفق الممارسات الكنسية السائدة آنذاك بمشاركة رجال الدين والرهبان من روما. يُذكر أن انتقال السلطة البابوية في تلك الفترة كان يحمل أهمية دينية وسياسية بسبب الظروف التي واجهت الكنيسة والعلاقات مع السلطات المدنية في إيطاليا والإمبراطورية.