الكنيسة اليونانية نالت الاستقلال الكنسي الذاتي أو الاوتوسيفالية عندما منحها بطريرك القسطنطينية المسكوني هذا الوضع رسميًا بتاريخ ٢٩ يونيو ١٨٥٠، ويعني ذلك أن الكنيسة اليونانية أصبحت تتمتع بقيادة دينية ذاتية مستقلة عن سلطة بطريركية القسطنطينية في تعيين رؤسائها وإدارة شؤونها الداخلية، مع إبقاء روابط روحية وطقسية مع الكنائس الأرثوذكسية الأخرى. هذا القرار شكل منعطفًا مهمًا في تنظيم الكنيسة اليونانية الحديثة وعكس الاعتراف القانوني والديني باستقلالها الكنسي بعد حركات الاستقلال السياسي في اليونان خلال القرن التاسع عشر.