التهاب الأمعاء هو التهاب يصيب الأمعاء الدقيقة وينجم عادة عن تناول طعام أو شراب ملوث بمسببات مرضية، وقد ينشأ أيضًا من أدوية مضادة للالتهاب، تعاطي الكوكايين، العلاج بالإشعاع أو اضطرابات مناعية ذاتية مثل داء كرون والسيلياك؛ تظهر أعراضه بمغص وبطني، شد عضلي، إسهال، تجفف وحمى، وتختلف المعالجة بحسب السبب وشدته.

التهاب الأمعاء الناخر مرض معوي حاد تنتجه بكتيريا المطثية الحاطمة عبر ذيفان بيتا، ويعرف أيضاً بالالتهاب المعوي النخري أو البغبلة؛ يتسبب في نخر جدار الأمعاء وأعراض تسمم غذائي شديدة قد تؤدي إلى وفاة إذا لم يعالج بسرعة، ويشمل التشخيص عزل البكتيريا أو كشف الذيفان والعلاج مزيجاً من المضادات الحيوية ودعم الدورة والتغذية مع مراقبة المضاعفات.

التهاب الأمعاء التهاب يصيب الأمعاء وقد ينجم عن عدوى فيروسية أو بكتيرية أو طفيلية أو عن أمراض مناعية أو تهيج غذائي ودوائي. تظهر أعراضه عادةً بإسهال وألم بطني وغثيان وربما حمى أو جفاف، وتختلف شدته بحسب السبب وحالة المصاب. ويعتمد التعامل معه على تعويض السوائل ومعرفة السبب وتجنب المضاعفات، مع استخدام العلاج النوعي عند الحاجة.

النبيت البطني مجتمع الأحياء الدقيقة التي تعيش في القناة الهضمية، ولا سيما الأمعاء. يضم أعداداً هائلة من البكتيريا وغيرها من الكائنات التي تتفاعل مع الإنسان بعلاقات غالباً نافعة. تساعد هذه الكائنات على تخمير الألياف، وإنتاج بعض المركبات، وتدريب الجهاز المناعي، وحماية الأمعاء من الممرضات. يتشكل النبيت البطني تدريجياً بعد الولادة ويتأثر بالغذاء والرضاعة والبيئة والمضادات الحيوية والمرض. يمثل هذا المجتمع جزءاً من الميكروبيوم البشري، وأصبح محوراً لفهم الهضم والمناعة والتمثيل الغذائي والصحة العامة.

اقتطاع الأمعاء عملية جراحية يُزال فيها جزء من الأمعاء الدقيقة أو الغليظة، ويسمّى استئصال القولون عند استئصال الأمعاء الغليظة. تُجرى لأمراض مثل السرطان والنخر والالتهابات الشديدة وداء كرون والداء الرتجي والانسداد وإزالة سليلات مهددة بالتحول، وقد تستلزم فغرًا معويًا أو قولونيًا وتسبب مضاعفات هضمية واستقلابية مثل متلازمة الأمعاء القصيرة.