الأيضَة الثانوية أو المستقلبات الثانوية هي مركبات عضوية لا تشارك مباشرة في النمو أو التطور أو التكاثر، وتختلف عن الأيضات الأولية بأن غيابها لا يسبب موتًا فوريًا بل قد يؤثر طويلًا على بقاء أو خصوبة أو صفات سلوكية وجمالية للكائن الحي، وفي حالات أخرى قد يكون افتقادها غير ذي تأثير هام.
