علم مناعة الأجهزة مجال بحثي يدرس الجهاز المناعي كنظام متكامل يعتمد على تفاعلات معقدة بين مكوّناته بدلاً من تحليل كل عنصر بمفرده، ويستخدم مبادئ نظرية النُظم وأنظمة معقّدة وتقنيات بيولوجيا عالية الإنتاجية وأدوات رياضية وحسابية لفهم بنية الجهاز المناعي ووظائفه الشاملة وكيفية نشوء القوة والوظيفة من تفاعلات العناصر المختلفة.