جين الفئة الثانية نوع من الجينات المشفرة للبروتين تُنسخ بواسطة إنزيم بوليمراز RNA من الفئة II، وتحتوي محفزًا قد يشمل صندوق TATA وتضم إكسونًا وإنترونًا لتكوّن سلاسل ببتيدية؛ من أمثلتها جزيئات معقد التوافق النسيجي الكبير من الفئة الثانية (MHC II) التي تعرض مستضدات خارج خلوية لخلايا CD4 التائية ويُنظَم تعبيرها بواسطة العامل المساعد المنشط CIITA.