جمعية مسجد مصطفى محمود مؤسسة خيرية مصرية أسستها الدكتور مصطفى محمود عام ١٩٧٥ للعمل في المجال الخيري وتقديم الخدمات الطبية المجانية للمحتاجين؛ توسعت من عيادات محدودة لتشمل وحدات علاجية مرتبطة بمسجد مصطفى محمود، ومراكز طبية متعددة ومستشفى مصطفى محمود، مع مشروع لإنشاء مستشفى جديد في مدينة السادس من أكتوبر.

يوميات نص الليل كتاب للدكتور مصطفى محمود يجمع مقالات فلسفية وتأملية تعالج الحياة والإنسان والطبيعة والمجتمع، يستعرض نصوصًا قصيرة مثل «الطفل العميق» و«مرحبا بالخوف» و«الشر» و«سر الحياة» ويبرز تأملات الكاتب في الجمال والحرية والعلاقات والوجود عبر مقاطع تأملية ومقتطفات نقدية للوعي والروح.

نواسخ القرآن كتاب للحافظ ابن الجوزي (٥١٠-٥٩٢ هـ) يعالج موضوع نسخ الآيات بآيات أخرى، اعتمد فيه المؤلف سرد الأسانيد وترتيب المواضع على نسق ترتيب المصحف، مع موقفه من أن الحكم بكون آية منسوخة يجب أن يستند إلى دليل صحيح لا إلى اجتهاد، وتوجد منه نسختان مخطوطتان معروفتان إحداهما في مكتبة طبقفوسراي بتركيا والأخرى في مكتبة خدابخش ببنكبور في الهند.

قراءة للمستقبل كتاب للكاتب المصري مصطفى محمود نُشر عام ١٩٩٧، يعالج قضايا تسعينيات القرن العشرين وما بعدها من منظور تحليلي وتنبؤي، منتقدًا تيارات سياسية إسلامية وعلمانية والاشتراكية بوصفها سببًا في معاناة مصر، ويعرض آراء نقدية عقلانية حول صناعة الفرد الإسلامي ودور الخوف والديمقراطية في مستقبل المجتمع.

أينشتاين والنسبية كتاب لدكتور مصطفى محمود يبسط نظرية النسبية لألبرت أينشتاين بلغة سهلة ومنطقية موجهة لعامة القراء، مع رفض احتكار المعرفة العلميّة والتعالي بغموض المصطلحات، مؤكداً أن العلم ينبغي نشره بعيداً عن الكهانة العلمية، ويعرض تفاسير حول طبيعة الإدراك الحسي والواقع والنسبية في الموضع والحركة.