مركب بروتيني هو اتحاد من سلسلتين أو أكثر من عديد الببتيد يشكلان بنية رابعة للبروتين، حيث قد تختلف السلاسل عن وظائفها وتترابط بروابط بروتين‑بروتين غير تساهمية. تتباين استقراريتها، وتشارك المركبات البروتينية كأساس لآلات جزيئية تؤدي طيفًا واسعًا من العمليات الحيوية، مميزة عن مركبات عديد الإنزيمات التي تضم مواقع نشطة متعددة داخل سلسلة واحدة.

مثنوي البروتين هو مركب بروتيني يتألف من ارتباط بروتينين منفردين عادة بروابط غير تساهمية، ويمكن أن يكون متجانسًا (نسختان متطابقتان) أو متغايرًا (سلسلتان مختلفتان). يشكل ديمر وحدة بنيوية ووظيفية في البروتينات والحمض النووي، وتوجد استثناءات لارتباط دائم عبر جسور ثنائي الكبريتيد، كما تحتوي بعض البروتينات نطاقات متخصصة للتثني والتخصصية.

عديد الأكريلاميد مركب بوليمري من وحدات الأكريلاميد -CH2CHCONH2- يمكن أن يوجد كسلسلة خطية أو متصالبة، وهو ممتص كبير للماء ويكوّن هلامًا طريًا عند إماهته؛ يستعمل في الرحلان الكهربائي الهلامي وفي صناعة العدسات الهلامية، ويُستخدم خطيًا كعامل مثخن ومعلّق وله تطبيقات مخبرية في فصل الجزيئات وترسيب كميات صغيرة من الحمض النووي.

اجيتوكسين سم بروتيني في سم عقرب فلسطين الأصفر يتألف من ثلاث سلاسل متقاربة الطول كل منها ٣٨ حمضًا أمينيًا وتختلف في مخلفات مواقع محددة؛ يُنقّى باستشراب السائل رفيع الإنجاز ويرتبط بقنوات البوتاسيوم من نوع «شاكر» في الحشرات والنظائر الثديية فيحجبها عبر ارتباط سطحي عالٍ وتثبيت بواسطة حركات مرنة للسلاسل الجانبية مما يؤثر على نشاط القناة ووظائفها.

المستقبل المناعي جهاز بروتيني عادة على الغشاء الخلوي يتعرف على مؤثرات مناعية مثل السيتوكينات أو أنماط جزيئية مرتبطة بالمُمْرِض فتبدّل نشاط الخلية وتُفعّل أو تُثبّط استجابات الجهاز المناعي؛ من أمثلته مستقبلات التعرف على الأنماط (PRRs)، مستقبلات شبيهة تول (TLRs)، مستقبلات Fc، مستقبلات خلايا B وT، ومجموعة مستقبلات منشطة ومثبطة للخلايا القاتلة.