علم الأوبئة الطبيعية يدرس توزيع وأنماط مخاطر الأمراض وعواملها عبر المناظر الطبيعية مستنداً إلى مبادئ علم البيئة التي تربط المضيفات والناقلات والعوامل الممرِضة بالظروف البيئية والمكانية؛ نشأت الفكرة من مفهوم الحياد الطبيعي أو البؤر (١٩٦٦) وطُبّق النهج تحليلياً على أمراض مثل الملاريا وفيروس هانتا وداء لايم ومرض شاغاس.