جزيرة يوناغوني هي أقصى الأراضي اليابانية المأهولة غرباً، ولا يفصلها عن تايوان سوى ما يزيد قليلاً على ١٠٠ كم، ما يمنحها أهمية عسكرية كبيرة في ظل النشاط العسكري الصيني المتزايد حول تايوان وبحر الصين الشرقي. وأنشأت اليابان فيها عام ٢٠١٦ قاعدة لقوات الدفاع الذاتي ووحدة للمراقبة الساحلية، ثم واصلت تعزيز قدراتها العسكرية والاستخبارية في الجزيرة ضمن خطة أوسع لتقوية دفاعات جزرها الجنوبية الغربية.
يوناغوني مرشحة لمزيد من التعزيزات العسكرية، إذ تخطط اليابان لنشر وحدة صواريخ أرض-جو متوسطة المدى فيها بحلول السنة المالية ٢٠٣٠. ويثير هذا التوسع انقساماً بين السكان؛ فبعضهم يراه ضرورياً للردع، بينما يخشى آخرون أن يجعل الجزيرة هدفاً في حال اندلاع نزاع حول تايوان. كما تشمل خطط الحماية المدنية الحكومية إجلاء سكان جزر ساكيشيما، ومنها يوناغوني، إلى مناطق أخرى من اليابان إذا نشأ تهديد عسكري واسع.